Las branquias, cuando están presentes, se encuentran en la parte posterior, media o a los laterales del cuerpo sobresaliendo del manto. Consisten en un grupo variable de ramificaciones que un forman el penacho branquial, donde se realiza la respiración.
Generalmente se disponen dorsalmente en forma de círculo o semicírculo alrededor de la papila anal (D), aunque en algunos géneros, éstas no se encuentran rodeando la papila anal sino que presentan una serie de branquias secundarias en los laterales del cuerpo. Hay una gran variedad de formas según la especie y algunas tienen la capacidad de retraer el penacho al interior del cuerpo en caso de peligro.
Según el número de ramificaciones presentes en cada filamento branquial hay tres tipos de branquias: unipinnadas (A), bipinnadas (B) y tripinnadas (C).